原料是沼气池产生沼气的物质基础，具备充足的发酵原料才能保证沼气发酵的持续运行。用于沼气发酵的原料主要是各种有机废弃物、农作物秸杆，如稻草、番莳藤、花生藤等，野生水生植物如水浮莲、杂草、树叶等，禽畜粪便，人粪尿等等。但用不同的原料时要注意碳、氮元素的配比。同时注意，不是所有的植物都可作为沼气发酵原料。例如，桃叶、百部、马钱子果、元江金光菊、元江黄芩、大蒜、植物生物碱、地衣和木本枝条，酸金属化合物、盐类和刚消过毒的禽畜粪便等，都不能进入沼气池。它们对沼气发酵有较大的抑制作用，故不能作为沼气发酵原料。